Les Minipouss sont des petits êtres facétieux à la société bien organisée. Ces petits personnages avec une longue queue et des oreilles pointues vivent de la même manière que les hommes mais dans des endroits où se trouvent habituellement souris et rats, à savoir dans les murs des maisons et les égouts de la ville. Personne ne connaît leur existence excepté Eric Legrand, un garçon de douze ans, qu'ils rencontrent chez son détestable oncle Auguste. Eric devient rapidement le meilleur ami de quelques uns d'entre eux : Tom, sa soeur Lucie, leur cousin maladroit Charlie Mini et le doyen râleur Grand'Pa. Tous ensemble vont lutter contre le professeur Chassard et son assistant qui souhaitent dévoiler au monde entier l'existence des Minipouss et leur faire subir d'atroces expériences...